Postdoctoral Position in Fungal Cell Biology or Biochemistry / Structural Biology of Starship Transposons in Zürich

Die neu gegründete Plant Disease Dynamics Gruppe an der ETH Zürich sucht einen Postdoktoranden, um zu untersuchen, wie Transposons die Biologie von pflanzenpathogenen Pilzen beeinflussen. Wir suchen jemanden mit Erfahrung in der Pilzzellbiologie oder Biochemie/Strukturbiologie, der daran interessiert ist, die molekularen Mechanismen zu erforschen, die der Mobilität von Starship-Transposons und den Genen, die sie innerhalb von pflanzeninfizierenden Pilzarten tragen, zugrunde liegen.

Je nach Ihrem Hintergrund und Ihren Interessen kann die Position in eine Zellbiologie-Richtung (funktionale und zelluläre Charakterisierung der Transposonmobilisierung in lebenden Pilzzellen) oder eine Biochemie/Strukturbiologie-Richtung (in vitro Rekonstruktion und strukturelle Charakterisierung der Proteine, die die Starship-Aktivität antreiben) gestaltet werden.

Diese Position bildet eine von drei Säulen eines kollaborativen, interdisziplinären Forschungsprojekts. Ein Experte für Pilzgenomik wurde bereits rekrutiert, um die Säule der vergleichenden Genomik zu leiten, die natürliche Pilzpopulationen nach der Vielfalt und evolutionären Geschichte von Starship-Transposons untersucht. Diese neue Position wird eng mit diesem Kollegen zusammenarbeiten und entweder die Perspektive der Zellbiologie oder der Biochemie/Strukturbiologie beitragen, die erforderlich ist, um von populationsebene Mustern zu mechanistischen, experimentell validierten Modellen zu gelangen, wie Starship-Transposons sich bewegen und ihre Fracht integrieren.

Projekt Hintergrund

Horizontaler Gentransfer (HGT) ermöglicht die Verbreitung von Pathogenitätsgenen zwischen Mikroben und kann daher das Auftreten neuer Krankheiten vorantreiben. Bei pathogenen Pilzen, einer aufkommenden globalen Bedrohung sowohl für Menschen als auch für unsere Ernten, sind die Mechanismen, die HGT erleichtern, unbekannt. Jüngste Arbeiten haben eine neuartige Gruppe von riesigen Transposons namens Starships entdeckt, die Virulenz-, Metalltoleranz- und andere fitnessassoziierte Gene horizontal zwischen Pilzarten übertragen haben.

Dieses Projekt konzentriert sich auf die pflanzenpathogenen Pilze Bipolaris sorokiniana, Parastagonospora nodorum und Pyrenophora tritici-repentis, die alle das Pilzvirulenzgen ToxA tragen, das in einem kleineren Passagiertransposon namens ToxTA eingebettet ist. Dieses Transposon wurde unabhängig von zwei verschiedenen Starship-Transposons, Sanctuary und Horizon, erfasst, mit Hinweisen auf andere Erfassungen in anderen Pilzarten. Während die Genomik-Säule die evolutionäre Geschichte von ToxTA über natürliche Pilzpopulationen rekonstruiert, wird diese Position direkt die zugrunde liegenden Mechanismen untersuchen: entweder durch das Studium, in lebenden Pilzzellen, wie Starships und ihre Passagiertransposons sich bewegen und reguliert werden, oder durch biochemische und strukturelle Charakterisierung der Proteine, die die Erfassung, Exzision und Integration durchführen. Zusammen zielen die beiden Ansätze darauf ab, zu identifizieren, welche genetischen und molekularen Merkmale für den horizontalen Transfer entscheidend sind.

Aufgabenbeschreibung

• Untersuchen der molekularen Mechanismen, die die Mobilität von Starship-Transposons und die Frachtaufnahme antreiben, unter Verwendung eines Ansatzes, der zu Ihrer Spezialisierung passt:
• Zellbiologie-Richtung: Entwicklung und Anwendung zellulärer und funktioneller Assays (z.B. konfokale Mikroskopie, Einzelzell-Sortierung, Membranbiologie), um die Starship-Aktivität und die Mobilisierung von Passagiergenen innerhalb lebender Pilzzellen zu verfolgen.
• Biochemie/Strukturbiologie-Richtung: Expression, Reinigung und biochemische Charakterisierung von Starship-kodierten Proteinen (z.B. dem Captain-Tyrosin-Rekombinase und assoziierten Faktoren) und Bestimmung ihrer Strukturen, um zu enthüllen, wie sie Fracht-DNA erkennen und mobilisieren.
• Einrichten und Optimieren experimenteller Modellsysteme zur Untersuchung der Aktivität von Starship-Transposons im Labor.
• Eng mit dem Genomik-Postdoktoranden des Labors zusammenarbeiten, um populationsebene Muster mit mechanistischen Erkenntnissen zu verbinden.
• Proaktiv das relevante experimentelle Daten und Ressourcen für Ihre Richtung verwalten.
• Doktoranden und Masterstudenten betreuen und anleiten.
• Bei der Durchführung von Vorlesungen oder Seminaren für die Plant Disease Dynamics Gruppe unterstützen.
• Schreiben und Veröffentlichen von peer-reviewed Manuskripten.
• Förderanträge stellen, um Forschungseigenständigkeit zu entwickeln.

Profil

• Ein Doktortitel in Pilzzellbiologie, Biochemie, Strukturbiologie, Molekularbiologie oder einem verwandten Bereich.
• Nachweis von Forschungsexzellenz und Ambition durch peer-reviewed Veröffentlichungen.
• Vorherige Erfahrung, die für Ihre Richtung relevant ist: Wet-Lab-Techniken der Pilzmolekulargenetik und Zellbiologie oder Methoden der Proteinexpression/-reinigung und Strukturbiologie (Röntgenkristallographie, Kryo-EM oder NMR).
• Nachweis des Engagements für Reproduzierbarkeit, z.B. durch sorgfältige Aufzeichnungen, Code-Repositories oder offene Protokolle.
• Ein starkes Verlangen, zur Lehre von Bachelor- und Masterforschungsstudenten beizutragen.
• Der Wunsch, ein unabhängiges Forschungsgebiet mit Unterstützung/Mentoring von Prof. McDonald aufzubauen.

Wir bieten

• Ein dynamisches und spannendes Forschungsumfeld in einer neu gegründeten ETH-Gruppe.
• Zugang zu modernsten zentralen Einrichtungen an der ETH Zürich.
• Kernbudgetäre Unterstützung für Verbrauchsmaterialien und IT-Infrastruktur.
• Integration in das breitere Netzwerk der Pflanzenpathologieforschung, das sich über die Karriere von Prof. McDonald über vier Kontinente erstreckt (USA, Schweiz, Australien, UK).
• Ein inklusives und unterstützendes Team, das Vielfalt schätzt.
• Flexible Arbeitszeiten und teilweise Homeoffice, wenn gewünscht.

Wir schätzen Vielfalt und Nachhaltigkeit. Im Einklang mit unseren Werten fördert die ETH Zürich eine inklusive Kultur. Wir setzen uns für Chancengleichheit ein, schätzen Vielfalt und pflegen ein Arbeits- und Lernumfeld, in dem die Rechte und die Würde aller Mitarbeiter und Studierenden respektiert werden. Besuchen Sie unsere Website für Chancengleichheit und Vielfalt, um zu erfahren, wie wir ein faires und offenes Umfeld gewährleisten, das es jedem ermöglicht, zu wachsen und zu gedeihen. Nachhaltigkeit ist ein Kernwert für uns – wir arbeiten konsequent auf eine klimaneutrale Zukunft hin.

Fragen zur Position richten Sie bitte an Prof. Megan McDonald (keine Bewerbungen). Weitere Informationen über Plant Disease Dynamics finden Sie auf unserer Website. Die Überprüfung der Bewerbungen erfolgt am 31. Oktober und wird fortgesetzt, bis ein geeigneter Kandidat gefunden ist.

Die ETH Zürich ist eine der weltweit führenden Universitäten, die sich auf Wissenschaft und Technologie spezialisiert hat. Wir sind bekannt für unsere hervorragende Ausbildung, bahnbrechende Grundlagenforschung und den direkten Transfer neuen Wissens in die Gesellschaft. Über 30.000 Menschen aus mehr als 120 Ländern finden unsere Universität als einen Ort, der unabhängiges Denken fördert und ein Umfeld schafft, das Exzellenz inspiriert. Im Herzen Europas gelegen, aber mit Verbindungen auf der ganzen Welt, arbeiten wir zusammen, um Lösungen für die globalen Herausforderungen von heute und morgen zu entwickeln.